Azərbaycan Respublikası Xarici İşlər Nazirliyinin Naxçıvan Muxtar Respubliksındakı İdarəsi müstəqilliyimizin ilk illərində müxtəlif administrativ adlar altında - Azərbaycan Respublikası Xarici İşlər Nazirliyinin Konsulluq İdarəsinin Naxçıvan Muxtar Respublikasındakı Konsulluq Məntəqəsi, Xarici İşlər Nazirliyinin Konsulluq İdarəsinin Naxçıvan Muxtar Respublikasındakı Konsulluq Şöbəsi və Naxçıvan Muxtar Respublikası Konsulluq İdarəsi fəaliyyət göstərmişdir.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 31 oktyabr 2005-ci il tarixli, 307 №-li Fərmanı ilə, Azərbaycan Respublikası Xarici İşlər Nazirliyinin Naxçıvan Muxtar Respublikasındakı İdarəsi Azərbaycan Respublikasının həmsərhəd və digər dövlətlərlə və beynəlxalq təşkilatlarla iqtisadi, ticarət, elmi-texniki və mədəni münasibətlərinin genişlənməsini və Naxçıvan Muxtar Respublikasının bu münasibətlərdə iştirakını nəzərə alaraq, Azərbaycan Respublikasının vahid xarici siyasət xəttinin həyata keçirilməsini və bununla əlaqədar Azərbaycan Respublikası Xarici İşlər Nazirliyinin müvafiq vəzifə və funksiyalarının Naxçıvan Muxtar Respublikasında fasiləsiz və ardıcıl həyata keçirilməsini təmin etmək məqsədilə yaradılmış və Əsasnaməsi təsdiq edilmişdir. İdarə Naxçıvan şəhərində yerləşir.

İdarə öz fəaliyyətində Azərbaycan Respublikasının Konstitusiyasını, "Diplomatik xidmət haqqında" Azərbaycan Respublikasının Qanununu və Azərbaycan Respublikasının digər qanunlarını, Azərbaycan Respublikası Prezidentinin Fərman və Sərəncamlarını, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin Qərar və Sərəncamlarını, Azərbaycan Respublikasının Xarici İşlər Nazirliyi haqqında Əsasnaməni, Nazirliyin normativ hüquqi aktlarını, habelə İdarə haqqındakı Əsasnaməni rəhbər tutur.

İdarə Naxçıvan Muxtar Respublikasının mərkəzi icra hakimiyyəti orqanları, yerli icra hakimiyyəti orqanları, bələdiyyələri, habelə Naxçıvan Muxtar Respublikasında fəaliyyət göstərən hüquqi və fiziki şəxslərlə, Naxçıvan Muxtar Respublikasında fəaliyyət göstərən xarici dövlətlərin konsulluqları, beynəlxalq təşkilatların nümayəndəlikləri ilə qarşılıqlı əlaqələr çərçivəsində öz fəaliyyətini həyata keçirir.

Azərbaycan Respublikasının beynəlxalq münasibətlərində Naxçıvan Muxtar Respublikasının iqtisadi, ticarət, elmi-texniki və mədəni məsələlərlə əlaqədar Azərbaycan Respublikasının qanunları ilə müəyyən edilmiş hallarda, qaydada və səlahiyyətlər daxilində Naxçıvan Muxtar Respublikasının iştirakı Nazirlik ilə razılaşdırmaqla və əlaqələndirməklə, zəruri hallarda isə İdarənin və (və ya) Nazirliyin digər struktur bölməsinin iştirakı ilə həyata keçirilir.

İdarənin fəaliyyətinə rəhbərliyi Naxçıvan Muxtar Respublikası Nazirlər Kabinetinin təqdimatı ilə Azərbaycan Respublikasının xarici işlər naziri tərəfindən vəzifəyə təyin edilən və vəzifədən azad edilən İdarənin rəhbəri həyata keçirir. İdarənin rəhbərinin Azərbaycan Respublikasının xarici işlər naziri tərəfindən vəzifəyə təyin edilən və vəzifədən azad edilən iki müavini vardır.

İdarənin strukturuna Siyasi məslələr şöbəsi, Protokol şöbəsi, Konsulluq şöbəsi və Təsərrüfat şöbəsi daxildir.

Eyni zamanda İdarənin Culfa, Şahtaxtı və Sədərək sərhəd-nəzarət buraxılış məntəqələrində, Naxçıvan və Culfa Dəmiryolu Vağzallarında və Naxçıvan Beynəlxalq Hava Limanının qərb və şərq terminallarında viza sektorları fəaliyyət göstərir.